Программа курса по анализу геномных данных
Расписание образовательной программы «Анализ геномных данных» (2–11 июля 2012 года, Новогорск, МО)
Курс «Анализ геномных данных» разработан в рамках образовательных программ проекта «БиоЛогика» для специалистов в области биомедицины. Секвенирование геномов в последние десятилетия стало одним из основных исследовательских инструментов в молекулярной биологии и смежных разделах науки. Ключевым фактором в научном и практическом применении технологии секвенирования является не собственно получение массивов геномных данных, а их интерпретация, которая, в свою очередь, требует владения соответствующими методами анализа. Данные практический курс помогает молодым специалистам познакомиться с современными методами анализа геномных данных.
Апробация курса прошла 2–11 июля 2012 года в Новогорске.
День 1
| 9:00 |
Лекция и практикум: Введение в язык программирования R и набор модулей Bioсonductor (часть 1) |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Лекция и практикум: Введение в язык программирования R и набор модулей Bioсonductor (часть 2) |
| 16:30 |
Ужин |
| 19:00 |
Знакомство: слушатели представляют свои научные проекты |
День 2
| 09:00 |
Лекции: статистические аспекты анализа геномных данных (обзор статистических тестов, оценка значимости, p-value, поправка на множественное тестирование, дизайн эксперимента, робастность в статистике и др.) |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Лекция: теории микрочипов |
| 14:00 |
Лекция+практикум: Введение в классы Bioconductor для анализа микрочиповых данных |
| 15:00 |
Практикум: анализ микрочиповых данных |
| 16:00 |
Ужин |
| 19:00 |
Доклад Rosemary Braun о ее научной работе |
День 3
| 09:00 |
Лекции+практикумы: предобработка микрочиповых данных (контроль качества данных, нормализация и фоновая поправка данных Affimetrix и двухцветных систем, суммаризация данных Affimetrix) |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Лекции: Оценка значимости в микрочиповых экспериментах (множестванное тестирование, линейные модели для дифференциальной экспрессии, эмперические баесовы подходы, limma) |
| 16:00 |
Ужин |
| 19:00 |
Доклад Mark Reimers о его научной работе |
День 4
| 09:00 |
Лекция: Методы кластеризации (иерархическая кластеризация, k-means, консенсусная кластеризация) |
| 10:30 |
Лекция: Уменьшение размерности (PCA, MDA, NMF, использование снижения размерности совместно с кластеризацией) |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Лекция: Введение в контролируемое машинное обучение с подкреплением (базовое дерево решений, SAM/PAM, RandomForests) |
| 16:30 |
Ужин |
| 19:00 |
Лекция Михаила Гельфанда |
День 5
| 09:00 |
Лекция + Практикум: Технологии высокопроизводительного секвенирования, работа с данными высокопроизводительного секвенирования |
| 10:30 |
Лекция+практикум: инструменты Bioconductor для работы с данными высокопроизводительного секвенирования |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Продолжение работы над утренними практическими работами |
| 14:00 |
Презентация возможных самостоятельных проектов, обсуждение и начало работы над выбранными проектами |
| 16:30 |
Ужин |
| 19:00 |
Дискуссия: вопросы и ответы |
День 6
| Выполнение самостоятельных проектов |
День 7
| 09:00 |
Лекция: Биологические пути и анализ наборов генов (обзор методов, простой анализ перепредставленности генов, гипергеометрический тест, методы анализа функционального обогащения: GSEA, MaxMean) |
| 10:30 |
Практикум: получение аннотации для набора генов с помощью biomaRt, применение гипергеометрического теста и GSEA |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Продолжение практикумов, работа над самостоятельными проектами |
| 16:30 |
Ужин |
| 19:00 |
Лекция: Метагеномика |
День 8
| 09:00 |
Лекция: Интеграция эпигенетических и экспрессионных данных |
| 10:30 |
Лекция: Теория тестов на значимость для счетных данных |
| 12:00 |
Обед |
| 14:30 |
Лекция: Wolfgang Huber (EMBL, Germany). Statistics of Expression Analysis with RNA-Seq |
| 13:00 |
Практикум: работа с пакетами edgeR и DEseq. тестирование на уровне экзонов |
| 16:00 |
Работа над самостоятельными проектами |
| 18:00 |
Ужин |
| 20:00 |
Lecture: Alexey Kondrashov: Detecting positive and negative selection from data on within- and between population sequence variation |
| 21:30 |
Дискуссия, вопросы и ответы |
День 9
| 09:00 |
Работа над самостоятельными проектами |
| 10:00 |
Лекция: интегративный анализ |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Лекция: краткое введение в ChIP-seq |
| 14:00 |
Лекция: Olivier Elemento: ChIP-Seq |
| 15:00 |
Практикум: ChIP-Seq, поиск пиков с помощью BayesPeak |
16:00 |
Работа над самостоятельными проектами |
| 18:00 |
Ужин |
| 20:00 |
Lecture: Alexey Kondrashov: Detecting positive and negative selection from data on within- and between population sequence variation |
| 21:30 |
Работа над самостоятельными проектами |
День 10
| 09:00 |
Лекция и дискуссия: John Stamatoyannopoulos: High-resolution mapping and analysis of the human regulatory genome |
| 12:00 |
Обед |
| 13:00 |
Работа над самостоятельными проектами, подготовка презентаций |
| 15:00 |
Представление самостоятельных проектов |
16:00 |
Работа над самостоятельными проектами |
| 19:00 |
Ужин |
| 20:00 |
Lecture: Alexey Kondrashov: Detecting positive and negative selection from data on within- and between population sequence variation |
Подробности программы по ссылке: http://biologica.org/project/genomic-data-analysis/
